Durante o ano de 2000, três comissões foram formadas consecutivamente com o intuito de apresentar um novo projeto para a Associação das Igrejas Batistas do Litoral Paulista. Havia dúvidas quanto à necessidade e receptividade em torno de um seminário teológico. Na época, o então presidente da Associação, Pr. Jasiel Marsolla, nomeou uma comissão constituída pelos seguintes pastores: Sidney Roberto Machado da Silva (relator), Daniel Rocha Guimarães, Francisco de Assis Chaves Carvalho, Saulo Peres Quintas, Paulo Pancote Lacerda e Airton Souza Melo.

Por unanimidade, em outubro de 2000, essa comissão recomendou à Associação a formação do Seminário Teológica Batista do Litoral.

Foi escolhido pelo conselho, com o intuito de gerir o Seminário em seus primeiros passos o Pr. Jasiel Marsolla, que organizou todo o material para o primeiro vestibular, providenciou a propaganda, além de contatar os primeiros professores, tendo vital importância no surgimento do Seminário.

Foi assim que, em 5 de fevereiro de 2002, tivemos a nossa aula inaugural, proferida pelo Pr. Ed Renée Kivitz, no templo completamente lotado da Primeira Igreja Batista de São Vicente. A mensagem teve como título: Como se faz um profeta.

Na ocasião foi empossado o Pr. Sidney como Deão Acadêmico, além do Conselho de Educação Teológica: Francisco de Assis Chaves Carvalho (Presidente), Daniel Rocha Guimarães (Vice-prersidente), Saulo Peres Quintas (Secretário), Paulo Pancote Lacerda e Airton Souza Melo

Nos dias seguintes, além do Pr.Ed René, ouvimos o Pr. Antonio Mendes Gonzales na época Presidente da Ordem dos Pastores Batistas e pastor da Primeira Igreja Batista de Atibaia, e o Pr. Levi Correa da Primeira Igreja Batista de Santo André. Iniciamos a nossa primeira turma com 42 alunos matriculados, além de uma boa Biblioteca. No segundo semestre de funcionamento, já com o Pr. Sidney como diretor, iniciamos uma segunda turma de teologia, além de vários alunos avulsos. Em 2002, iniciamos o Curso Médio de Música Sacra, priorizamos a Biblioteca, ultrapassando os 3 mil volumes.

Como uma das grandes marcas do seminário, semestralmente desenvolvemos a Semana Teológica, tendo como preletores Ary Veloso, Russell Shedd, Luiz Sayão, Prof. Adauto B. Lourenço, além de outras presenças esporádicas especiais como o Pr. Paulo Solonca, Pr. José Vieira Rocha, entre outros.

No mês de julho de 2002, entendendo ser a vontade de Deus, o Pr. Sidney deixou o Seminário, retornando ao pastorado da Igreja Batista do Marapé, tendo assumido a direção o Pr. Átila da Silva, experiente sevo de Deus, atuante na educação teológica brasileira por vinte anos.

O pr. Átila serviu o Seminário até 2014, quando deixou a reitoria e ingressou no colegiado pastoral da Igreja Batista da Borda do Campo, em São Bernardo do Campo, SP.

Assume a reitoria o pr. Dilean Baptista de Melo Souza, em novembro de 2014, na ocasião da Assembleia da Associação das Igrejas Batistas do Litoral Paulista. O culto de posse oficial foi na Aula Inaugural do ano seguinte, 2015, com a pregação do pr. Genivaldo Andrade, pastor da Primeira Igreja Batista de Itapema e presidente da CBESP.

O Seminário hoje está consolidado, com um excelente número de alunos matriculados e com uma grande perspectiva para o futuro.